Ngày 18 tháng 4 năm 1946,  Bộ Nội vụ ra Nghị định số 121-NV/NĐ về tổ chức Việt Nam Công an vụ có 3 cấp. Trong đó có Phòng Tài vụ trực thuộc Bộ. Mãi về sau mới đổi thành Vụ Tài vụ trực thuộc Bộ Công an.[4]

Năm 2009, đổi tên thành Cục Tài chính trực thuộc Bộ Công an[4]

Theo Nghị định số 01/NĐ-CP ngày 6 tháng 8 năm 2018 quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Công an:[8] Cục Kế hoạch và Tài chính được thành lập trên cơ sở sáp nhập giữa Cục Kế hoạch và Đầu tư với Cục Tài chính.